蛋白质（protein）是原生质的主要成分，目前世界上任何能够独立生存的生物都含有蛋白质。所以说，没有蛋白质就没有生命。就连非常简单的、寄生存在的病毒，也是由蛋白质和核酸组成的。
蛋白质是功能分子，细胞生存需要的很多生理功能都是通过蛋白质实现的。自然界的生物多种多样，因而蛋白质的种类和功能也十分繁多。比如，皮肤和骨骼主要由胶原蛋白构成，毛发、指甲、鳞羽角蹄等由角蛋白构成，绝大多数的酶都是蛋白质，肢体运动、物质运输、免疫防御、信息传递等过程也都离不开蛋白质。
蛋白质按分子形状可以分为球状蛋白和纤维状蛋白两大类。前者外形近似球体，多溶于水且具有活性，如酶、转运蛋白、蛋白激素、抗体等。其长度与直径之比一般小于10。后者一般外形细长，分子量大，多为结构蛋白，如胶原蛋白等。纤维状蛋白可分为可溶性纤维蛋白与不溶性纤维蛋白。前者如血液中的纤维蛋白原、肌肉中的肌球蛋白等，后者如角蛋白等结构蛋白。
按分子组成，蛋白质可以分为简单蛋白（单纯蛋白）与结合蛋白两大类。前者完全由氨基酸组成，不含非蛋白成分，如血清清蛋白等。简单蛋白根据溶解性又可分为7类：清蛋白、球蛋白、组蛋白、精蛋白、谷蛋白、醇溶蛋白和硬蛋白。这里的球蛋白（globulin）与前面说的球状蛋白不同，它是指“不溶或微溶于水，可溶于稀盐溶液的单纯蛋白，可被半饱和中性硫酸铵沉淀”（《生化化学与分子生物学名词》第二版）。免疫球蛋白（抗体）是球蛋白中的一种。
结合蛋白除了由氨基酸构成的肽链以外，还含有非蛋白成分，这些成分统称为辅基。根据辅基的不同，可将结合蛋白分为核蛋白、脂蛋白、糖蛋白、磷蛋白、血红素蛋白、黄素蛋白和金属蛋白等7类。
所有的蛋白质都含有碳氢氧氮四种元素，有些蛋白质还含有硫、磷和一些金属元素。蛋白质平均含碳50％，氢7％，氧23％，氮16％。其中氮的含量较为恒定，而且在糖和脂类中一般不含氮，所以常通过测量样品中氮的含量来测定蛋白质含量，比如凯氏定氮：蛋白质含量＝蛋白氮×6.25
蛋白质是大分子，分子量范围大约6000到几百万甚至上千万。一般分子量小于6000的称为肽。这个界限不是绝对的，如牛胰岛素分子量为5700，一般仍认为是蛋白质。肌联蛋白（titin）是一个巨大的肌小节蛋白,分子量2700 kD（25000多个氨基端），长度1微米，约占肌节的一半。一般蛋白质煮沸会凝固，而肽不会凝固。
蛋白质的水解可以得到多种氨基酸。角蛋白等人体无法消化的蛋白质可以通过水解制取氨基酸，用于医药、饲料等领域。最常用的是方法酸水解，用6 M HCl或4 M H2SO4，105℃回流20小时，即可完全水解。如样品含有杂质，常产生腐黑质，使水解液变黑。
酸水解不引起氨基酸的消旋，但色氨酸完全被破坏，天冬酰胺和谷氨酰胺的酰胺基被水解（所以蛋白质水解液一般都含有17种氨基酸），丝氨酸和苏氨酸部分破坏。用3 mol/L对甲苯磺酸代替盐酸，得到色氨酸较多，可像丝氨酸和苏氨酸一样用外推法求其含量。
碱水解时许多氨基酸被破坏，但色氨酸不被破坏，常用于测定色氨酸含量。酶水解不破坏氨基酸，但时间长，反应不完全。一般用于部分水解，比如蛋白质测序时将大的蛋白质降解成一些肽段，分别测序。
